En raison de résultats d'études chez l'animal suggérant une foetotoxicité, le traitement par pentamidine est déconseillé chez la femme enceinte, sauf si son utilisation s'avère indispensable.
Des cas de fausse couche au cours du premier trimestre de grossesse ont été rapportés lors de la prise prophylactique de pentamidine administré par aérosol.
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